Wallenstein, van oorsprong een protestantse Boheemse edelman, had zich bij het uitbreken van de Dertigjarige Oorlog in 1618 aan de zijde van de Rooms-Katholieke Kerk en de keizer geschaard, zodat hij in 1620 na de nederlaag van de protestanten op de Witte Berg in ruime mate mocht meedelen in de oorlogsbuit. Het Waldsteinpaleis is daarvan maar een klein deeltje, dat hij in 1621 verwierf.
De bouw vond plaats in de jaren 1624-1630 rond 5 binnenhoven en een grote tuin. Na zijn gewelddadige dood in 1634 werd onder andere een lijst opgemaakt van de inventaris van dit paleis en daaruit blijkt een zeer grote overvloed aan weelderige inrichting. Het gebouw met de tuin is overigens met een wat bescheidener inrichting nog tot 1945 bezit van de familie gebleven. De reusachtige voorgevel in de stijl van de vroege barok maakt een tamelijk sobere indruk, maar het interieur des te meer. In de centraal gelegen ridderzaal wordt Wallenstein op het door stucwerk omgeven plafondfresco als de zegevierende oorlogsgod Mars afgebeeld. Dezelfde kunstenaar, Baccio Bianco, maakte ook de fresco's in de kapel met voorstellingen uit het leven van de H. Wenceslas.
Het paleis is in gebruik bij een ministerie en in de achterste vleugel is een Comenius museum.
